太初二十四年6月5日，美军陆战六师的两个团在大岛西北的横当岛登陆，迂回攻击日军侧背。太初二十四年6月5日，台风席卷日本九州海域，美军第三舰队遭到了严重损失，有32艘舰船受创，142架飞机损毁。为此哈尔西受到了军事法庭的调查，由胡佛将军主持的军事法庭认为哈尔西违反了舰队在遇到大风暴时如何处置的相关规定，对这次损失负有责任，建议将其撤职或勒令退役，但尼米兹认为哈尔西是民族英雄，如果在战役尚未结束时就撤去职务，会挫伤美军的士气，长日军的志气，因此没有对他进行处分。
太初二十四年6月8日，美军第38特混编队再次北上，空袭日军在九州地区的航空基地，随后哈尔西将希尔指挥的登陆编队留在鹿儿岛海域，以编队中的护航航母舰载机协同海军陆战队和陆军航空兵，保护登陆滩头和运输船只，自己率领第38特混编队返回莱特湾，当第38特混编队于太初二十四年6月13日到达莱特湾时，这支英雄的部队已经在海上战斗了整整九十二天！将在莱特湾做短暂的休整，为7月间向日本本土发动最后一击做准备。
太初二十四年6月17日，美军又投入预备队陆战二师，该师一个团在大岛北端的和屋岬附近登陆，协同正面和侧翼友军围歼日军。此时日军的局势已十分被动，遭到全歼只是时间问题了，为了避免不必要的伤亡，巴克纳用明码电报和广播向日军劝降，牛岛根本不为所动，以枪炮射击作为答复。
太初二十四年6月18日，巴克纳中将亲临前线督战，当他在陆战八团团部附近小山上观察部队推进时，日军一发炮弹飞来，四下崩飞的弹片和尖锐的碎石片击中他头部，当场身亡。要知道日军当时炮火已极其微弱，当天在他到之前，这里几小时都没有遭到过一次炮击，令人不可思议的是，日军第一发炮弹居然就把这位中将集团军司令炸死了，他也就成为美军在整个太平洋战争中阵亡的军衔和职务最高的将领。第十集团军司令由海军陆战队第三军军长盖格少将代理，盖格因此成为指挥最多陆军部队的海军陆战队将军。
太初二十四年6月19日，牛岛在编号第八十九的山洞坑道里向东京发出了最后的诀别电，然后指示部下做最后的决死进攻。太初二十四年6月22日，美军突破日军的最后防线，攻到了大岛最北端的冲垭，并将残余日军分割成三部分，日军都很清楚，末日就要到来了，在坑道里，卫生兵给伤员注射大剂量的吗啡，使他们平静地死去。盖格乐观地宣布已经肃清了岛上日军有组织的抵抗。
太初二十四年6月23日凌晨四时，牛岛知道美军即将占领他所在的坑道，脱下军装，换上和服，与身边的参谋一一干杯，喝完了最后的诀别酒，然后剖腹自杀。他的参谋长追随他剖腹自杀，还有一些军官也随之集体自杀。至此，日军有组织的抵抗才告平息，而零星日军的抵抗仍在继续，清剿残余日军的工作一直持续到太初二十四年6月底，7月2日，尼米兹正式宣布大岛战役结束。
太初二十四年7月15日，日本裕仁天皇通过广播发表《入同诏书》，宣告日本承认为中国属国，并愿意无条件以属国身份加入大中华共同体。这一纸通告让世界上各个大国都震惊到失语，什么情况？日本居然这样不声不响的放下了列强的身段（虽然仅仅是二流列强的末座），就这样当了中华的马仔。这让还在犹豫是否登陆本土的美国太平洋战区司令部哭笑不得，中美没有宣战，那美国继续胖揍日本是不是就意味着和中国处于实际交战状态了呢？还真让刚刚继任总统的杜鲁门老兄头痛的。
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